滤芯式除尘设备的阻力随滤料表面粉尘层厚度的增加而增大，阻力达到某一规定值时，进行清灰，此时脉冲控制仪控制电磁脉冲阀的启闭。当脉冲阀开启时，气包内的压缩空气通过电磁脉冲阀经喷吹管上的小孔喷射出一股高速、高压的引射气流，从而形成一股相当于引射气流体积1～2倍的诱导缺陷流，一同进入滤芯内，使滤芯内出现瞬间正压并产生鼓胀和微动；沉积在滤料上的粉尘脱落，掉入灰斗内，灰斗内的粉尘通过卸料器，连续排出。
这种脉冲喷吹清灰方式，是逐排滤芯顺序清灰，脉冲阀开闭一次产生一个脉冲动作，所需的时间为0.1～0.2s；脉冲阀相邻两次开闭的间隔时间为1～2min，全部滤芯完成一次清灰循环所需的时间为10～30min。由于本设备为低压脉冲清灰，所以根据设备阻力情况，应对喷吹压力、喷吹间隔和喷吹周期进行调节。
滤芯式除尘设备的清灰，滤芯式除尘设备特别适合安装在室内生产线中，或者作为移动式除尘设备应用。由于需要特殊加工，折叠式滤芯每平方的滤料面积相对比滤袋大，而且滤芯的清灰系统要求比较高，风速一般在0.8m/min以下，比滤袋低，所以滤芯式除尘设备的造价也就比袋式除尘设备稍高。