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ALGcontrol采用激发光对藻类进行激发。当激发光照射到叶绿素分子上时，叶绿素分子会将一部分吸收的激发光再以特定波长的荧光的形式发射出来。

所有的藻都含有叶绿素a，这些叶绿素a发射的荧光峰值是相同的（都被激发出波长680nm的荧光）。但是研究发现：同一种藻受到不同波长单位强度激发光照射时，发出的荧光强度不同；不同的藻在受到相同波长单位强度激发光照射时，发出的荧光强度也不同，所以可以通过这个特性对藻进行分类测定。

除此之外，仪器还会对其它干扰物质和参数进行测定以提高藻类测定的准确性。其中包括：通过测定365nm的荧光和710nm的荧光分别对DOM（可溶解有机物）和浊度进行补偿。

ALGcontrol选用7个不同波长的激发光对被测对象进行激发测定，分别是365nm, 450nm, 525nm, 570nm, 590nm,615nm 和 710nm。

仪器在工作时，7种不同波长的激发光以的频率逐次对被测对象进行照射，每次的信号值都会被仪器测定并记录，所以每个波长的激发光对不同藻的“激发值”都会被记录并用于藻类的浓度的计算，计算所得的结果图像会以µg/l的形式在仪器屏幕上显示。相应的DOM和浊度的结果也会被自动的计算。